Computational (Bilgisayarli) Kimya`nin en önemli uygulamalarindan biri. Molekül Modelleme kisaca moleküllerin 3 boyutlu yapilarini ve tepkimelerini bulmak ve göstermek icin kullanilan yöntemlerdir. Elbette ki bu bilgisayarla yapilan yöntemlerdir.

Aslinda, bizim kagit üzerinde moleküllerin yapilarini cizmemiz, mekanizmalarini göstermemiz en basit molekül modellemedir. Kagit üzerinde iki boyutlu ve de gercege pek de yakin olmayan cizimleri bir yana birakirsak, bilgisayarla Schrödinger denkleminin istenilen moleküller icin degisik yöntemlerle cözülmesi ve bunun molekülün 3 boyutlu yapisini, elektronik özelliklerini vs. aydinlatmasina, gercek moleküler modelleme diyebiliriz.

Bu modelleme icin günümüzde bir cok programlar mevcuttur. Schrödinger denkleminin farkli yaklasimlarla cözülmesi sonucu farkli programlar ortaya cikmistir diyebiliriz.

Moleküler modellemenin oldukca sik olarak kullanildigi alanlardan biri de, ilac dizaynidir. Ilaclarin etki mekanizmasinin incelenmesinde oldukca sik olarak kullanilir. Ilaclarin yanisira, vücuttaki bir cok biyokimyasal tepkimenin mekanizmalarinin aciklanmasinda, proteinlerin ve enzimlerin 3 boyutlu yapilarinin bulunmasinda da kullanilir.

Son zamanlarin oldukca gözde arastirma konularindandir ve de 1998 de Pople ve Kohn`a computational yöntemlerin ve moleküler modellemenin gelistirilmesi konusunda yaptiklari katkilardan dolayi Nobel Ödülü kazanmistir.