Asimetrik moleküllerin tam olarak bilinen 3 boyutlu yapilarina mutlak konfigürasyon denebilir. Basit molekülleri düsünecek olursak; tek stereojenik merkez iceren optikce aktif bir molekülün iki enantiomeri oldugunu, bunlardan birinin R ile digerinin de S ile gösterildigini, ve de bunlarin düzlem polarize isigi zit yönde cevirdigini biliyoruz. Ama cogu zaman bilmedigimiz, hangisinin hangisi hangi yöne cevirdigidir. Sentezledigimiz yeni bir asimetrik (kiral)(optikce aktif) molekül polarimetrede yaptigimiz ölcümlerde isigi + yönde belli bir aciyla cevirdi. Iyi güzel hos ama bu bilgi molekülün R mi yoksa S enantiomeri mi oldugunu vermiyor. Iste bunu anlamanin birkac yolu var.

En klasik yol, bu molekül eger daha önceden mutlak konfigürasyonu bilinen bir moleküle kolayca ve stereojenik merkezinde herhangi bilinmeyen bir etki olmadan dönüsütürülebiliniyorsa, dönüstürülür ve polarimetre degerleri karsilastirilir. Eger ki, ayni ise o zaman denir ki, molekülün mutlak konfigürasyonu su olmali ki bundan sentezlenen bilinen maddenin aynisi elde edildi. Polarimetre degeri zitti ise de o zaman eldekinin diger enantiomer oldugu anlasilir.

En garanti diger bir yol ise eger ki madde kristalize edilebiliniyorsa X-isini spektroskopisidir. Dogrudan, x-ray yardimi ile molekülün 3 boyutlu gercek yapisi ki haliyle mutlak konfigürasyonu da ortaya cikartilir. Ama her maddenin kati olmadigini, ve de her katinin da kristalize edilemedigini, edilse de her yerde X-isini analizi yapacak kisi ve alet olmadigini düsünürsek biraz kisitli bir yöntem diyebiliriz. Ama yine de siklikla kullaniliyor elbette.

Bir diger yöntem ise CD olarak kisaltilan Circular Dichroism spektroskopisi. Mutlak konfigürasyonu bulunacak maddenin öncelikle CD spektrumu alinir. Ardindan, teorik hesaplamalarla ki bunu yapmak hic de kolay degildir, eldeki maddenin her iki enantiomeri icin CD spektrumu elde edilir. Zaten Enantiomerlerin CD spektrumlari x eksenine göre simetriktir. Ölcüm yolu ile elde edilen spektrum hangi hesaplama yolu ile bulununankine uyuyorsa, o madde o enantiomer anlamina geliyor.

Mutlak konfifürasyonunun bulunmasi özellikle ilac dizayni yaparken oldukca önemlidir. Enzimlerdeki aktif bölgelere göre yapilan 3 boyutlu ilac dizayninin ardindan potansiyel ilac olan bu molekülün sentezi sirasinda kullanilan asimetrik sentez yöntemlerinde hangi enantiomerin elde edildigi bilinemiyor olabilir. Bunun icin mutlak konfigürasyonunun tayin edilmesi ve sentezine buna göre devam edilmesi gerekir.