Az rastlanan fakat ilginç bir yapısal izomeri tipidir.Bu tip izomeri, ligandlar iki ayrı şekilde bağlanma yeteneğine sahip olduğu zaman ortaya çıkar. Örneğin, nitrit (NO2-) iyonu , oksijen atomu veya azot atomu üzerinden koordinasyona girebilir. Birinci durumda nitrito (-ONO) bileşikleri, ikinci durumda ise nitro (-NO2) bileşikleri oluşur.
[Co(NH3)5ONO]Cl2-----nitritopentaaminkobalt(III)klorür(Sarı)
[Co(NH3)5NO2]Cl2-----nitropentaaminkobalt(III)klorür(Kırmızı)
Teorik olarak çok sayıda ligand, bağlanma izomerisi verme yeteneğine sahiptir. Örneğin, CN- , SCN- , ve CO ligandları, hem ilk hem de son atomları üzerinden koordinasyona girebilirler. Ancak çok az sayıda gerçek bağlanma izomerleri bilinmektedir.