Thomson'dan sonra yeni gelismelerin olmasi gerekiyordu atom modelleri konusunda. Cunku Thomson buyuk bir hata yapmisti negatif ve pozitif yuklar ayni yerde, bir bulut seklinde bulunur demekle.

Yeni gelismeler cok gecmeden (10 yil sonra) Ernest Rutherford tarafindan yapildi. Rutherford'in iki ogrencisi radyasyonla ilgili deneyler yapiyordu.(zavallilar..bkz Madam Curie ) Pozitif yuklu olan alfa parcaciklarini yogun bir sekilde altin folyoya gonderiyorlardi. Eger Thomson'in atom modeli dogru olsaydi, gonderilen isinlarin direk karsi tarafa gecmesi gerekiyordu, cunku Thomson'in modelinde negatif ve pozitif yukler arasinda buyuk bosluklar oldugu soyleniyordu. Fakat deney sonuclari cok sasirticiydi:






Goruldugu gibi alfa isinlarini cogu karsi tarafa gecmis, bir kismi biraz saparak gecmis, bir kismi da geri donmustur. 1911'de, Ernest Rutherford bu sonuclari torumladi ve Thomson'in onerdigi modelin dogru olamayacagini buldu. Pozitif yukun kucuk bir hacimde, yogun olarak ve atomun merkezinde bulundugunu, eger boyle olmasaydi alfa parcaciklarinin geri donmemesi ve yollarina devam etmesi gerektigini bulmustur. Rutherford'un modeline gore elektronlar cekirdegin cevresinde donmekte idi.